К XII в. кризис центральной власти был очевиден. Императоры уже в течение трех веков не имели реальной силы. От их имени всеми делами распоряжались всемогущие регенты из рода Фудзивара – единственного рода, из которого императоры могли брать себе жен. Однако в 1086 г. отрекшийся император Сиракава, игнорируя сложившуюся практику, начал активно вмешиваться в государственные дела. Так возник институт «монашествующих императоров», инсэй, когда правитель официально удалялся от дел, передавая власть своему малолетнему сыну, но продолжал влиять на принятие важных решений. Поскольку конфликты между правящим домом и кланом Фудзивара далеко не всегда решались мирным путем, экс-императоры решили обратиться к семье Тайра за военной поддержкой, чтобы иметь достаточную силу против Минамото, которых традиционно называли «когтями и клыками Фудзивара».
Первая стычка произошла в 1156 г. В этом году скончался малолетний император Коноэ, и вместо него правителем стал Го-Сиракава, сын экс-императора Тоба. Другой сын Тоба, тоже экс-император, Сутоку (отец Коноэ), снова решил занять престол и призвал на помощь военных. В этом конфликте с обеих сторон воевали воины и Минамото, и Тайра. Бои разразились на улицах столицы и закончились штурмом дворца, где укрылся Сутоку. Большинство Минамото, воевавших на стороне Сутоку, были казнены. Этот мятеж называется Хогэн-но-ран – «смута годов Хогэн». Победителем из нее вышел Тайра Киёмори, ставший приближенным нового императора. Минамото Ёситомо, тоже воевавший за Госиракава, получил гораздо меньше привилегий, чем был сильно обижен. Кроме того, он питал ненависть к Киёмори за то, что тот безжалостно казнил собственного отца, воевавшего за Сутоку, и заставил Ёситомо сделал то же со всеми своими родственниками, включая малолетних братьев.
В 1160 г. Минамото Ёситомо, подстрекаемый Фудзивара Нобуёри, с 500 воинов напали на Го-Сиракава, который к тому времени стал экс-императором, и его сына, незадолго до этого объявленного императором Нидзё, и отвезли их во дворец Сандзёдэн на окраине Киото. Киёмори, которого не было в столице, вернулся назад, собрал около 1000 дружинников и осадил дворец. Обоих императоров удалось выкрасть, переодев в женское платье, и дворец был взят штурмом. Эта смута получила название Хэйдзи-но-ран. Нобуёри был ранен при бегстве стрелой и казнен, Ёситомо же скрылся в восточных провинциях, но был предан своим вассалом, схвачен и убит. По стране прокатилась волна репрессий, в результате которых большинство Минамото были уничтожены. Тайра Киёмори отдал все ключевые посты в государстве своим родственникам и установил жесточайшую диктатуру. Двадцать лет, пока правил Киёмори, говорили: «теперь по всей стране кто не из рода Тайра, тот не человек».
В 1180 г. Киёмори был на вершине славы. Правя всей Японией и выдав дочь за императора, он решил посадить своего внука на престол. Трехлетний ребенок был объявлен императором под именем Антоку. Когда по этому случаю Киёмори с внуком отправились в паломничество в родовой храм семьи Тайра, принц Мотихито тайно разослал в восточные провинции призыв всем сторонникам Минамото покарать «разбойников Тайра». О заговоре донесли, и против Мотихито выслали престарелого Ёримаса, единственного из Минамото, оставшегося при дворе, причем он тоже был участником заговора. С полусотней воинов Ёримаса и Мотихито бежали сначала в монастырь Миидэра, а затем, взяв 300 чел. вооруженных монахов, в местечко Удзи на южном берегу реки Удзигава, где ожидали подмоги от монахов г.Нара. Киёмори послал против принца несколько тыс. солдат, которые подошли к северному берегу реки. Здесь завязалась жестокая битва. Монахи разобрали настил моста, и конница Тайра с ходу рухнула в проем, ломая ноги лошадям. Наступавшие откатились и завязалась перестрелка. Несколько раз самураи Тайра бросались в атаку через мост, но каждый раз были отбиты. Наконец, в воду бросился молодой самурай Асикага Тадацуна со своей дружиной в 300 всадников и, переправившись через реку, завязал бой с монахами. За ним кинулось все войско Тайра. Ёримаса совершил сэппуку, оба его сына погибли, а сбежавшего Мотихито настигли и обезглавили на месте. Мятеж был подавлен, не успев даже начаться.
В восточных провинциях, однако, был человек, который взял на себя дальнейшую борьбу против Тайра. Его звали Минамото Ёритомо (1147-1199), и он был старшим сыном погибшего 20 лет назад Ёситомо. Проживая в ссылке на п-ве Идзу под охраной Ходзё Токимаса, он женился на его дочери и склонил тестя на свою сторону. С помощью сотни всадников Токимаса Ёритомо вырвался с полуострова, блокированного сторонниками Тайра, но был разбит при горе Исибасияма превосходящим войском Оба Кагэтика. Несколько дней он в одиночестве пробирался на восток, рискуя в любой момент быть пойманным врагами, но в конце концов добрался до маленькой деревушки Камакура, где к нему начали стекаться все Минамото области Канто. Киёмори выслал против Ёритомо войско под командованием своего любимого внука Корэмори, хорошего поэта, но плохого воина. В начале ноября 1180 г. около 15 тыс. самураев Тайра перевалили через горы Хаконэ и вступили в восточные области. Чувствовали они себя неуютно – раньше Тайра сражались на своей территории, а область Канто считалась исконной вотчиной Минамото. Кроме того, только треть людей Корэмори были надежны, остальных же наспех набрали в пристоличных землях. Дойдя до реки Фудзигава, армия Тайра встала. На другом берегу расположились 20 тыс. воинов Минамото. Ночью 9 ноября на фланге Тайра внезапно поднялся шум – сотни гусей и уток поспешно улетали прочь. Решив, что их окружают, самураи побежали, в панике бросая оружие и доспехи. Минамото тоже были немало удивлены, обнаружив поутру пустой лагерь. Преследовать врага они не стали – Ёритомо было важно в первую очередь укрепиться в восточных провинциях. Эта бескровная победа получила название битвы при Фудзигава.
Весной 1181 г. скончался Тайра Киёмори, завещав, чтобы ему на могилу положили голову Ёритомо. Главой рода, к несчастью, стал недалекий и трусливый Мунэмори, сразу же попавший в трудное положение: против Тайра восстали самураи о.Кюсю и о.Сикоку, а Минамото Юкииэ, дядя Ёритомо, был уже на пути к Киото со своим войском. Юкииэ совсем не обладал военным даром. 25 апреля 1181 г. он бросил своих воинов в атаку на превосходящего противника через реку Суномата. Тайра притворно отступили, а затем дружно набросились на воинов в мокрых доспехах. Юкииэ бежал, укрывшись в провинции Синано у Минамото Кисо Ёсинака, племянника Ёритомо.
Летом этого и следующего годов военные действия остановились. Случился недород, а затем страшный голод, ударивший в первую очередь по провинциям Тайра. Район Канто пострадал сравнительно мало, и весь восток фактически был под власть Ёритомо. Но военные действия открыл не он, а Кисо Ёсинака. Осенью 1182 г. он объединил под своей властью Синано, а зимой завоевал четыре северные провинции, отделявшие его от Киото. Но тут он встретился не с войском Тайра, а со своим дядей Ёритомо. Тот, видимо, страдал паранойей – только так можно объяснить упорство, с которым он истреблял своих родственников без всяких для этого причин. Ёритомо выслал против Ёсинака армию, но после недолгих переговоров они разошлись по своим вотчинам. Ёсинака стал действовать, а Ёритомо выжидать.
В конце мая 1183г. против Кисо Ёсинака выступила огромная армия Тайра. Согласно «Хэйкэ моногатари» ее численность равнялась 100 тыс. человек, но большинство из них были наспех набранными и даже не вооруженными крестьянами. Командовал войском Корэмори, тот, что потерпел поражение при Фудзигава. Снабжение было поставлено отвратительно; войско стало разбегаться, даже не ступив в северные провинции. Против Тайра Ёсинака выдвинул вдвое меньшее войско из верных, закаленных в боях самураев. 2 июня произошло сражение в долине Куриката. Ёсинака заманил армию Тайра на узкий обрыв и атаковал ее с трех сторон, а с четвертой пустил стадо разъяренных буйволов с привязанными к рогам факелами. Разгром был полный; поредевшее втрое войско Тайра поспешно отступило к Киото. Объединившись с Минамото Юкииэ, Кисо Ёсинака добил врага на севере и в августе 1183 г. вступил в столицу.
Приветствовавшие Ёсинака как освободителя, придворные и император вскоре разочаровались в нем. Северные самураи грабили без разбору богатые усадьбы и убивали ни в чем неповинных людей. Го-Сиракава тайно обратился за помощью к Ёритомо. Тот выслал к Киото 60 тыс. человек под командой своих братьев Нориёри и Ёсицунэ. Разбив остатки войска Ёсинака в битвах при Удзи и Сэта, южных и восточных пределах Киото, они вступили в столицу. Ёсинака был убит шальной стрелой. Это произошло в феврале 1184 г.
Но главные враги, Тайра, не дремали. Благодаря талантам и мужеству Тайра Норицунэ, они подавили мятежи в западных провинциях и укрепились в своей резиденции Ити-но-тани на берегу Внутреннего моря. Это была узкая полоса земли, с юга примыкавшая к морю, с тыла закрытая неприступными горами, а с востока и запада отгороженная крепостными стенами – толстым частоколом со сторожевыми башнями. Основное войско Минамото под командой Нориёри подошло с востока, 7 тыс. человек взял Дои Санэхира и окружил крепость с запада, а Минамото Ёсицунэ с 3 тыс. всадников прошел ночью оленьими тропами в тыл крепости через перевал Хиёдоригоэ. Утром 18 марта на крепость с трех сторон обрушились всадники Минамото. Больше всего паники наделал Ёсицунэ, сразу запалив несколько строений внутри крепости. Самураи Тайра кинулись к лодкам, стоявшим на берегу, но всем места не хватало. Переполненные лодки в спешке отчаливали, а несчастным, уцепившимся за борта, отрубали руки. На берегу же их ждали суровые восточные самураи. Потеря Ити-но-тани стала большим ударом для Тайра. Но у них оставалось еще две морских базы – в местечке Ясима на о-ве Сикоку и на о-ве Хикосима в узком проливе между Хонсю и Кюсю.
База в Ясима пала в феврале 1185 г. Подготовленный Минамото флот долго не мог выйти в море, опасаясь судов Тайра, превосходных мореходов, и плохой погоды. Тогда Ёсицунэ, взяв всего 5 кораблей, ночью, в грозу переправился на Сикоку. К следующей ночи Ёсицунэ был уже около Ясима и с ходу дал сражение растерявшимся Тайра. В дыме пожаров те решили, что против них вышло все войско Минамото, и спешно стали грузиться на корабли. Осознав свою ошибку, утром они попытались вернуться обратно, чтобы разгромить кучку самураев Ёсицунэ, но тот кидался то в одну, то в другую сторону, не давая им высадиться на берег. Через три дня Тайра прекратили попытки десантироваться и уплыли, а на следующий день к берегам Сикоку причалила остальная флотилия Минамото в 200 кораблей, но им делать было уже нечего.
Последнее сражение этой войны разразилось 15 апреля 1185 г. В проливе Дан-но-ура встретились два флота. У Тайра было 500 кораблей, и они привыкли к войне на море. У Минамото было 850 судов, но они не имели опыта морских сражений, и добрая половина восточных самураев страдала от морской болезни. Сражение было долгим и жестоким – выстроившись на палубах, лучники обстреливали друг друга, затем, сблизившись, шли на абордаж. Исход битвы решил вассал Тайра, изменивший им и выдавший местоположение юного императора Антоку, спрятанного на неприметном суденышке. Устремив все силы против него, Минамото захватили судно, но императора уже не было в живых – он утопился вместе со своей бабушкой, вдовой Киёмори. Это послужило сигналом для всех знатных Тайра: большинство их бросились в море и погибли. Так прекратился великий род, и началась эра военных правителей – сёгунов, первым из которых стал Ёритомо.